Selama hidupnya, Muhadjir Effendy dikenal sebagai seorang pengajar yang mengabdikan hidupnya di bidang pendidikan. Sebelum akhirnya ia menjabat sebagai Rektor Universitas Muhammadiyah Malang pada tahun 2000, Muhadjir telah melanglangbuana untuk mencari ilmu pengetahuan.

Pria berusia 66 tahun ini memperoleh gelar sarjana Pendidikan Sosial di IKIP Negeri Malang pada tahun 1982, kemudian meraih gelar Magister Administrasi Publik di Universitas Gadjah Mada pada tahun 1996 dan terakhir menamatkan S-3 dan mendapat gelar Doktor Ilmu-Ilmu Sosial di Universitas Airlangga Surabaya.

Selain itu, ia juga beberapa kali mengambil kursus di luar negeri, seperti di National Defence University, Washington, D.C. pada tahun 1993 dan Victoria University di British Columbia, Canada pada tahun 1991.

Atas pencapaian dan pengabdiannya, saat ini Muhadjir tercatat sebagai Guru Besar Sosiologi Jurusan Pendidikan Luar Sekolah Fakultas Ilmu Pendidikan Universitas Negeri Malang. Ia juga aktif menjadi pengajar di Direktorat Pascasarjana Universitas Muhammadiyah Malang mengajar bidang Sosiologi.