Berbeda dengan Menpora periode sebelumnya, hubungan Zainudin Amali dan PSSI sebagai induk federasi sepak bola di Tanah Air terbilang cukup harmonis. Secara personal, Amali juga dikenal cukup dekat dengan ketua umum PSSI 2019-2023, Mochamad Iriawan. 

Keduanya kerap melakukan rapat koordinasi untuk membahas kesiapan kompetisi hingga tim nasional (Timnas) Indonesia. Bahkan sebelum Kongres Luar Biasa (KLB) PSSI digelar, Menpora Zainudin Amali masih sempat duduk bersama PSSI untuk membahas penyempurnaan Inpres No 3 tahun 2019 yang selama ini sama sekali tidak mencantumkan PSSI di dalamnya. 

Menpora kemudian menggelar Focus Group Discussion (FGD) di Audtorium Kementerian Pemuda dan Olahraga (Kemenpora) Jakarta, Senin (13/2/2023). Acara ini dihadiri sejumlah tokoh sepak bola termasuk Dirtek PSSI Indrja Sjafri dan Pelatih Timnas Indonesia U-16 Bima Sakti. Dalam sambutannya, Menpora Zainudin Amali menjelaskan kalau Inpres percepatan sepak bola nasional perlu disempurnakan. Sebab, aturan itu lahir ketika situasi federasi dan pemerintah tidak akur.

Akibatnya, alih-alih melimpahkan tugas kepada PSSI, Inpres itu justru menitikberatkan pelaksanaan pada taskforce. Menurut Amali, kehadiran task force dalam Inpres tersebut sama saja menghilangkan peran PSSI secara perlahan hingga bisa diartikan sebagai bentuk intervensi pemerintah yang berpotensi memicu hadirnya kembali sanksi FIFA kepada Indonesia. "Begitu saya jadi Menteri, saya lihat, saya tidak mau (melanjutkan). Saya bilang kalau task force yang mengurusi sepak bola, berarti pemerintah sudah intervensi,” katanya dia.