• S1 di Ilmu Tanah, Fakultas Pertanian, Universitas Brawijaya, Jawa Timur pada tahun 1993
• Magister S2 Bidang Tanah, Fakultas Pertanian, Unversitas Putra Malaysia, pada tahun 2000
• S3 Ilmu Tanah, Fakultas Pertanian, Universitas Putra Malaysia, pada tahun 2004

Prihasto Setyanto menyelesaikan gelar S1 di Ilmu Tanah, Fakultas Pertanian, Universitas Brawijaya, Jawa Timur pada tahun 1993. Program Magister S2 nya didapatkan dari Bidang Tanah, Fakultas Pertanian, Unversitas Putra Malaysia, pada tahun 2000. Program Doktornya/ S3 didapatkan dari bidang Ilmu Tanah, Fakultas Pertanian, Universitas Putra Malaysia, pada tahun 2004. Sejak April 2017 beliau diangkat sebagai Direktur Sayuran dan Tanaman Obat, Direktorat Jenderal Hortikultura, jabatan struktural yang pernah dijabat yaitu Kepala BPTP Jawa Tengah (2016-2017), Kepala Balai Penelitian Lingkungan Pertanian (2014-2016). Selain jabatan struktural beliau juga menjabat sebagai Fungsional Peneliti Madya