• Pondok Pesantren Pabelan, Magelang
• Fakultas Ushuluddin IAIN Syarif Hidayatullah Jakata tahun 1986
• magister bidang studi Asia Tenggara dari Ohio University, Athens, Amerika Serikat tahun 1988
• program doktoralnya dalam Ilmu Politik di Ohio State University, Colombus, Amerika Serikat.

Ketua Pimpinan Pusat (PP) Muhammadiyah periode 2015-2020 ini dikenal sebagai seorang santri intelektual. Ia menamatkan pendidikan dasar di daerahnya, Ambarawa, kemudian melanjutkan pendidikan menengah di Pondok Pesantren Pabelan, Magelang. Lalu menyelesaikan pendidikan sarjananya di Fakultas Ushuluddin IAIN Syarif Hidayatullah Jakata tahun 1986. Bahtiar memperoleh gelar magister bidang studi Asia Tenggara dari Ohio University, Athens, Amerika Serikat tahun 1988. Selang empat tahun kemudian pada 1991 Bahtiar mendapat gelar Master Ilmu Politik dan pada 1994 menyelesaikan program doktoralnya dalam Ilmu Politik di Ohio State University, Colombus, Amerika Serikat. Kepakaran Bahtiar dalam ilmu politik tidak diragukan, setidaknya kesan tersebut yang ditangkap oleh Ketua Umum PP Muhammadiyah, Haedar Nashir. Haedar mengatakan bahwa beberapa karya Bahtiar merupakan karya yang serius dan memiliki analisis tajam serta fokus. Sedangkan aktivitas mengajar Bahtiar dimulai dari almamaternya UIN Jakarta. Selanjutnya pernah menjabat ketua Program Studi Pascasarjana Universitas Muhammadiyah Jakarta (UMJ) (2001-2004). Penulis buku Transformasi Pemikiran Islam dan Praktik Politik Islam di Indonesia (1998) ini juga aktif sebagai dosen Pascasarjana Universitas Indonesia (UI), Dosen Pascasarjana UMJ, ketua akademi Program Pascasarjana UIN Jakarta, dan Dekan Fakultas Ilmu Sosial dan Politik UIN Jakarta. Selain itu, beberapa karya Bahtiar lainnya tentang Islam dan politik antara lain, The Nine Stars and Politics: A Study of The Nahdlatul Ulama’s Acceptance of Asas Tunggal and its Withdrawal from Politics (1988), Islam and the State: Transformation of Islam Political Ideas and Practices in Indonesia (1994), Repolitisasi Islam, Benarkah Islam Kembali Berpolitik (2000), Teologi Baru Politik Islam (2001). Serta buku yang ditulis bersama dengan Fachry Ali yang sering menjadi rujukan bagi para peminat studi Islam, Merambah Jalan Baru Islam (1986).