Suwarjono terpilih sebagai Ketua Umum Aliansi Jurnalis Independen (AJI) dalam Kongres IX yang digelar di Bukittinggi, Sumatera Barat, pada 30 November 2014 lalu. Di bawah pimpinan Suwarjono bersama Arfi Bambani Amri yang didapuk sebagai Sekretaris Jenderal (Sekjen), AJI melakukan sejumlah gebrakan yang sebelumnya belum pernah diterapkan oleh organisasi penggiat media yang didirikan sejak 7 Agustus 1994 ini. Salah satu terobosan yang dilakukan Suwarjono dan AJI adalah bahwa Aji kini menerima keanggotaan dari jurnalis yang bahkan bukan bekerja di media yang berbadan hukum. Itu artinya, siapapun yang aktif menulis sebagai bagian dari citizen jurnalism (jurnalisme warga) bisa menjadi anggota AJI. "AJI kembali ke khittahnya seperti saat 20 tahun lalu, di mana ada sejumlah jurnalis pemberani yang menerbitkan Suara Independen, tanpa izin terbit, tanpa badan hukum jelas sebagai penerbit, persis seperti blogger atau jurnalis warga lakukan hari ini demi menyampaikan kebenaran," demikian kata Suwarjono seperti dikutip dari website resmi AJI. Selain itu, di era kepemimpinan Suwarjono, AJI menerapkan larangan bagi anggotanya untuk tidak terlibat secara masif dengan kancah politik. "Anggota AJI juga kini dilarang menjadi anggota partai politik, memperkuat aturan lama yang melarang anggota berpartisipasi dalam kontestasi politik, baik sebagai calon atau tim sukses," tegas Suwarjono. Suwarjono sendiri mengawali karier jurnalistiknya bersama Detik.com selama 7 tahun dari 2000 sampai 2006. Kemudian, ia bergabung dengan Okezone.com selama setahun, lalu pindah ke Vivanews.com. Tahun 2009, Suwarjono dipercaya menjabat sebagai Managing Editor di Viva.co.id hingga Mei 2014. Setelahnya, ia memimpin redaksi Suara.com hingga saat ini.