Karier kepelatihan Juergen Klinsmann tidak dimulai dari level klub. Dia justru menerima tawaran untuk melatih Timnas Jerman. Klinsmann menggantikan mantan rekannya Rudi Voller sejak 26 Juli 2004.

Klinsmann memulai program dengan agresif untuk merombak manajemen Timnas Jerman. Ia merekrut mantan penyerang Timnas Jerman Oliver Bierhoff.

Selain itu, dia membuat gebrakan dengan merekrut pemain muda untuk menggantikan skuad yang tua setelah penampilan buruk di Euro 2004.

Klinsmann mengumumkan skuad pemain muda untuk Piala Dunia 2006 di Jerman. Pemilihannya itu berdasarkan pada performa, bukan reputasi pemain.

Penampilan Jerman membungkam para pengkritik Klinsmann. Tim Panser menyapu bersih tiga laga di babak penyisihan grup dengan kemenangan atas Kosta Rika, Polandia, dan Ekuador.

Pada babak 16 besar, Jerman menang 2-0 atas Swedia. Sementara dalam partai perempat final, Jerman mengalahkan Argentina dengan skor 4-2 melalui adu penalti setelah bermain imbang 1-1.

Langkah Jerman dihentikan oleh Italia di semifinal dengan skor 0-2 melalui babak perpanjangan waktu. Michael Ballack dan kawan-kawan kemudian mengalahkan Portugal 3-1 dalam perebutan tempat ketiga.

Kemenangan tersebut memicu parade besar-besaran di Berlin keesokan harinya. Klinsmann dan timnya mendapat penghormatan dari publik.

Legenda Jerman Franz Beckenbauer, yang sebelumnya pengkritik keras Klinsmann, ingin melihat sosok berusia 58 tahun itu terus menjadi pelatih. Tetapi, Klinsmann menolak memperpanjang kontraknya dan memberi tahu Asosiasi Sepak Bola Jerman (DFB) tentang keputusannya pada 11 Juli 2006.