Selain itu, kiprahnya di dunia organisasi dan kelembagaan juga mentereng. Ninik pernah menjabat sebagai Komisioner Komnas Perempuan pada Periode 2006-2009 dan 2010- 2014, Anggota Ombudsman RI pada periode 2016-2021, dan tenaga Profesional Lemhannas RI sejak 2020.

Ninik juga aktif menjadi Direktur JalaStoria, sebuah perkumpulan yang memiliki visi mewujudkan masyarakat Indonesia yang inklusif dan aktif dalam upaya penghapusan diskriminasi.

Selain aktif di dunia akademis dan organisasi, Ninik pernah menulis buku Politik Hukum Penghapusan Kekerasan Seksual di Indonesia.

Dalam rapat pleno, Anggota Dewan Pers juga menghasilkan dua keputusan lainnya. Pertama, menyetujui Asep Setiawan sebagai anggota Dewan Pers baru sisa masa periode 2022 - 2025. Kedua, menyetujui perubahan Statuta 2016 menjadi Statuta 2023.

Sidang pleno Anggota Dewan Pers untuk menetapkan Ketua Dewan Pers dan perubahan atas Statuta 2016 ini dihadiri secara luring oleh enam anggota Dewan Pers yaitu Yadi Hendriana, Totok Suryanto, Asmono Wikan, Ninik Rahayu, A Sapto Anggoro, dan Arif Zulkifli. Sementara anggota Dewan Pers P Tri Agung Kristanto hadir secara daring. Adapun Wakil Ketua Dewan Pers, M Agung Dharmajaya, tidak mengikutinya.