Kemudian Pele menikah lagi dengan psikolog dan penyanyi lagu rohani Assiria Lemos Seixas pada tahun 1994. Lagi-lagi pernikahan kedua Pele ini harus berakhir dengan perceraian pada 2008. Dari pernikahan dengan Assiria, Pele memiliki dua anak yakni Joshua dan Celeste.

Di tahun 2016, Pele menikah lagi untuk ketiga kalinya saat berusia 73 tahun. Dia menikahi wanita Brasil keturunan Jepang, Marcia Aoki, yang saat itu berusia 41 tahun. Aoki yang menemani Pele hingga akhir hayatnya.

Pele dan Aoki pertama kali bertemu pada 1980-an di New York, Amerika Serikat. Setelah itu mereka sempat putuh hubungan dan baru bertemu lagi tahun 2008. Pele dan Aoki kemudian berpacaran dua tahun kemudian sebelum akhirnya naik pelaminan di tahun 2016. Pele tak memiliki anak dari pernikahannya dengan Aoki.