Pria berdarah Batak Mandailing ini ternyata tidak hanya berkarier dalam dunia akademisi tetapi juga pernah dalam bidang politik dan pemerintahan. Faisal menjadi salah satu pendiri Majelis Amanah Rakyat (MARA).

Saat itu MARA menjadi cikal bakal Partai Amanat Nasional (PAN) ketika awal reformasi. Faisal Basri juga pernah ditunjuk menjadi Sekretaris Jenderal PAN pertama di tahun 1998 hingga 2000.

Kemudian pada tahun 2001, Faisal memutuskan untuk mundur dari PAN namun tetap aktif dalam dunia politik. Ia mendirikan organisasi Pergerakan Indonesia dan pernah menjadi Ketua Umum Dewan Pimpinan Nasional sejak Kongres I pada 2004-2010.

Faisal Basri juga sempat mengikuti Pemilihan Kepala Daerah (Pilkada) DKI Jakarta 2012 sebagai calon Gubernur jalur independen. Namun ia kalah dengan paslon lainnya yaitu Joko Widodo, Fauzi Bowo, dan Hidayat Nur Wahid.

Selain itu, keahliannya di bidang ekonomi juga membawanya sebagai Pakar Ekonomi pada P3I DPR RI pada 1994 hingga 1995. Ia juga dipercaya sebagai Tenaga Ahli pada proyek di lingkungan Pusat Penelitian dan Pengembangan Teknologi Mineral, Ditjen Pertambangan Umum, Departemen Pertambangan dan Energi tahun 1995 hingga 1999.

Pada era pemerintahan Presiden Joko Widodo pada April 2023, Faisal Basri pernah ditunjuk menjadi tim ahli Satuan Tugas (Satgas) tentang Tindak Pidana Pencucian Uang (TPPU) yang awalnya dibentuk untuk menindaklanjuti dugaan transaksi janggal Rp 349 triliun di Kementerian Keuangan (Kemenkeu).