Setibanya di Jakarta, Paus beristirahat di Kedutaan Besar Vatikan di Jalan Medan Merdeka Timur Nomor 18, Jakarta Pusat.

Sementara pada Rabu (4/9), Paus akan memulai perjalanan Apostolik sekaligus rangkaian kegiatan hingga Jumat (6/9).

Hari ini Paus dijadwalkan melakukan Upacara Selamat Datang di Pelataran Istana Merdeka dan bertemu Presiden Joko Widodo di Istana Merdeka, Jakarta.

Setelah itu, Paus direncanakan melakukan pertemuan dengan kalangan pemerintahan, masyarakat sipil, dan korps diplomatik (Pidato Bapa Suci) di Aula Istana Negara, Jakarta. Dilanjutkan pertemuan pribadi dengan anggota Serikat Jesus (SJ) di Kedutaan Besar Vatikan, Jakarta

Pertemuan dengan para uskup, imam, diakon, pelaku hidup bakti, seminaris, dan katekis, serta Scholas occurrentes di Gereja Katedral Santa Maria Diangkat ke Surga, Jakarta Grha Pemuda berlangsung pada sore harinya.

Pada Kamis (5/9), Paus akan menghadiri pertemuan antaragama di Masjid Istiqlal, Jakarta Pusat. Lalu pertemuan dengan Penerima Manfaat Organisasi Amal di Kantor Konferensi Waligereja Indonesia (KWI) di Menteng, Jakarta Pusat.

Lalu puncaknya, memimpin Perayaan Ekaristi bersama puluhan ribu umat Katolik di Stadion Gelora Bung Karno, Jakarta.

Usai misa, menurut jadwal Paus tidak ada agenda resmi dan diperkirakan kembali ke Kedubes Vatikan untuk istirahat.

Pada hari terakhir, Jumat (6/9), Paus dan rombongan melanjutkan perjalanan Apostolik dengan pesawat dari Bandara Internasional Soekarno Hatta Jakarta ke Port Moresby, Papua Nugini.