SUNAN GIRI dikenal sebagai anak yang cerdas dan rajin saat masih menuntun ilmu di pondok pesantren Sunan Ampel. Ia memiliki keunggulan di atas santri-santri Sunan Ampel lainnya. Hal ini membuat Sunan Ampel begitu menyanyangi Sunan Giri muda.
Umar Hasjim dalam bukunya ‘Sunan Giri’ menuliskan walnya Sunan Giri muda berguru ke Sunan Ampel saat ibu angkatnya Nyai Gede Pinatih mengantarkannya belajar agama ke Ampel. Saat itu Sunan Giri muda yang masih bernama Joko Samodra bertemu Sunan Ampel di usia 11 tahun.
Pondok pesantren di Ampel diasuh oleh Sunan Ampel atau Raden Rahmad yang merupakan saudara sepupu dari ayah Joko Samodra atau Sunan Giri bernama Syeikh Maulana Ishak.
Sunan Ampel tak tega melihat Sunan Giri muda bolak-balik Ampel ke Gresik untuk belajar mengaji. Sunan Giri pun akhirnya diminta tinggal di pesantren.
Suatu ketika Sunan Ampel masuk ke dalam masjid untuk mengelilingi atau memeriksa santri-santrinya, yang akan melaksanakan sholat tahajud. Tetapi Sunan Ampel dikejutkan dengan sebuah cahaya yang memancar dari salah seorang santri-santri itu. Sunan Ampel pun memberi tanda dengan mengikat ujung sarung sang santri itu.
Baca juga: Memahami Islam Putihan Ajaran Sunan Giri, Munculkan Perdebatan di Wali Songo
Keesokan paginya setelah sholat subuh Sunan Ampel menanyakan kepada para santrinya perihal siapa di antara mereka yang ujung sarungnya terikat. Lantas Sunan Giri pun menjawab pertanyaan dari Sunan Ampel. Dari sanalah ia tahu bahwa satu santrinya itu bukan anak sembarangan.
Sunan Ampel tahu bahwa santrinya tersebut merupakan anak dari seorang bangsawan atau raja. Beliau pun menanyakan seluk beluk Joko Samodra kepada Nyai Gede Pinatih, ibu angkat dari Sunan Giri muda.
Setelah mendapat penjelasan asal mula Joko Samodra ditemukan di tengah lautan, maka Sunan Ampel pun mengerti bahwa santrinya itu merupakan anak dari saudara sepupunya sendiri Syeikh Maulana Ishak.
Sunan Ampel pun teringat pesan Syeikh Maulana Ishak sebelum meninggalkan Gresik menuju Pasai Aceh. Satu pesan yang diingat Sunan Ampel yakni memberi nama anaknya dengan nama Raden Paku.
Dari sanalah akhirnya nama Joko Samodra yang diberikan oleh sang ibu angkatnya Nyai Gede Pinatih diubah oleh Sunan Ampel, sesuai pesan dari sang ayah kandung Sunan Giri.
Sejak saat itu Sunan Ampel begitu menyayangi Raden Paku. Ia diberi pelajaran agama Islam dengan sungguh - sungguh dan matang. Beberapa ilmu keislaman mulai dari Fiqih, Ilmu Tauhid, Alquran, dan sebagainya diajarkan kepada Sunan Giri muda.